Embora sempre se faça uma distinção entre os samurais e os ninjas, geralmente os ninjas também eram samurais. Isso porque muitas vezes eles também serviam a um daimyô em troca de um estipêndio, como os samurais convencionais. A diferença crucial entre os dois é que os ninjas não obedeciam ao bushidô (código de ética samurai), e, ao invés disso, tinham o seu próprio código de conduta. Não se importavam em utilizar-se de métodos covardes para alcançar seus objetivos, mesmo porque tinham sua identidade sob sigilo em suas missões, de forma que não prejudicariam a sua imagem.

Depois de árduos estudos sobre a anatomia humana, os ninjas dominaram, entre outras, a arte da camuflagem. Através dessa técnica os ninjas tornavam-se invisíveis e simplesmente não eram vistos à noite, apenas escondendo-se pelas sombras. Além disso, eles eram temidos por serem incrivelmente traiçoeiros e rápidos: faziam tudo em silêncio, de modo que dificilmente eram descobertos. Os ninjas costumavam matar suas vítimas adormecidas ou pelas costas, de modo que estas não lhe apresentariam defesa alguma. Os daimyô costumavam contratar os ninjas para que estes matassem os generais inimigos antes de uma guerra, o que desestruturava o exército inimigo, ou simplesmente para conseguirem informações secretas e sabotarem os planos inimigos. Muitas mortes que oficialmente eram registradas como "acidentes" ou "doenças fulminantes" eram na verdade obra dos ninjas.

Havia toda uma mística envolvendo o ninja e o seu trabalho. Eles acreditavam que, para que tudo desse certo, deviam estar com o corpo e o espírito em perfeita harmonia com o universo.

Pouco se sabe sobre esses hábeis guerreiros, e sua história é cercada de grande mistério. Isso porque pouca informação histórica se tem sobre eles, visto que nenhum daimyô costumava admitir o uso desses agentes em guerras (o que podia ser considerado uma tática covarde).

Mitos e lendas cercam os ninjas e as suas origens. Uma delas conta que pássaros-demônio chamados tengu, da mitologia japonesa, seriam os ancestrais dos ninjas. Esses pássaros eram mestres nas artes da espada e do desaparecimento, tornando-se assim evidente a sua relação com os ninjas.

Acredita-se que as reais raízes da arte ninja se encontrem na China. O famoso general e filósofo chinês Sun Tzu, já relatava em seu livro "A Arte da Guerra", por volta de 500 A.C., a importância dos espiões nas guerras. Sun Tzu descreveu os chamados "espiões vivos", aqueles que penetravam na fortaleza inimiga, conseguiam informações secretas sobre os planos do general inimigo e voltavam para contar tudo ao seu soberano. Esses profissionais eram os servos mais íntimos do general, e a confiança neles era de primordial importância. A partir daí, esse "espiões" aos poucos se aperfeiçoaram, mais precisamente no Japão, e viraram posteriormente os ninjas, com todo o seu ocultismo, princípios filosóficos e profundidades técnicas que os diferem de outros espiões. A primeira aparição ninja data do final do século VI.

Os ninjas eram organizados em clãs. Seus rostos eram escondidos por trás de máscaras, de modo que o ninja não pudesse ser reconhecido em suas missões. O ninja descoberto era instruído a se matar, pois não tinha mais valor; Em pouco tempo seria caçado e morto.
As espadas ninja, conhecidas por Ninja-To, eram devidamente adaptadas a suas técnicas. Ao contrário da espada samurai, a Ninja-To possuía a lâmina reta, para que o seu ocultamento fosse facilitado e para que ela produzisse menos ruídos ao ser usada.
Além das espadas, os ninjas utilizavam também vários outros equipamentos e armas, que eram importantes recursos em suas missões. A Kawanaga, ou gancho de agarre, era muito utilizada para ultrapassar muros e similares. Alguns ninjas usavam uma espécie de luva, chamada de Shuko (mão-de-gato), que possuía garras nas palmas. Elas facilitavam a prática da escalada e posteriormente vieram a ter outras utilidades, como, por exemplo, servir de arma e instrumento de defesa. Algumas escolas usavam bombas de gás para facilitar suas fugas.

Shakens (ou shurikens), as conhecidas "estrelinhas ninja", também eram utilizadas largamente.
O Shinobi Shozoku, ou uniforme ninja, tinha por função camuflar o ninja no ambiente, de modo a facilitar a sua "invisibilidade". Assim sendo, na maioria das vezes ele era totalmente preto, pois os ninjas costumavam trabalhar à noite.
Um fato curioso é que também havia mulheres entre os ninjas. Entre outras vantagens características delas, as ninjas usavam a sedução no trabalho. Seduzindo homens de alto poder político elas conseguiam ainda com mais facilidade as informações secretas de que precisavam.

A arte dos ninjas é denominada Ninjutsu. O Ninjutsu é talvez a mais complexa e completa de todas as artes marciais, pois possui vários ramos e técnicas específicas para determinadas situações, o que o torna muito difícil de se definir. São 9 as tradicionais escolas do Ninjutsu. Cada escola tem as suas peculiaridades e preferências por determinados estudos. Entre as inúmeras técnicas do Ninjutsu, estão: a arte da invisibilidade, luta desarmada e armada (envolvendo o manejo de espada, bastão, lança, armas com corrente e outras mais exóticas), pressão de pontos vitais (o que podia levar o adversário a dores insuportáveis ou até mesmo à morte), técnicas especiais de fuga, métodos de caminhar silenciosamente, escalada de obstáculos, luta dentro d'água, envenenamento, hipnose, treinamento de flexibilidade das juntas (o que facilitava fugas de amarras) e, finalmente, a arte dos disfarces, que envolvia também técnicas de dramatização, o que possibilitava o ninja se passar por outras pessoas.

Desde a primeira aparição ninja no séc. VI até a era Meiji, no séc. XIX, a utilização desses agentes como espiões foi aos poucos perdendo o sentido. Isso ocorreu principalmente com o fim das guerras inter-feudais no Japão e, posteriormente, com o avanço da tecnologia nas armas de fogo.

O universo ninja ainda é tema constante na indústria do entretenimento japonês, sendo explorado nos games, mangás e desenhos animados. Com certeza o que mais fascina o ocidental nesses formidáveis guerreiros é o mistério que os cerca.