Tokugawa Ieyasu, um dos mais inteligentes partidários de Nobunaga, tornou-se o homem mais poderoso do Japão após a morte de Hideyoshi em 1598. Quebrando suas próprias promessas, virou-se contra o herdeiro de Hideyoshi, o jovem Hideyori, para tornar-se o centro do poder do país.
Na batalha de Sekigahara, em 1600, Tokugawa Ieyasu derrota os seguidores de Hideyori e alguns outros rivais, conquistando assim o total controle do Japão. Em 1603 foi nomeado pelo imperador o novo xogun, estabelecendo o seu governo na crescente cidade Edo, atual Tóquio.

A sociedade foi por ele rigidamente dividida em quatro classes: samurais, camponeses, artesãos e comerciantes. Aos membros dessas classes, não era permitida a troca de status social. O primitivo sistema de administração dos samurais adquire notável desenvolvimento e eficiência, e marca o auge do feudalismo japonês. Ieyasu distribui os feudos entre os seus mais fiéis vassalos. Entretanto, os novos daimyo agora passam a ser atrelados ao governo central. Esse novo sistema manteve o poder nas mãos dos Tokugawa por mais de 250 anos, em um período bem mais tranqüilo que os anteriores, que ficou conhecido também por "A Idade da Paz Ininterrupta".

Após a destruição do clã Toyotomi e a captura do castelo de Osaka em 1615, Ieyasu e seus sucessores praticamente não tiveram mais rivais. Assim, os samurais passaram a se dedicar não somente ao treinamento marcial, mas também à filosofia, literatura, caligrafia e cerimônia do chá. Nesta época de paz destacou-se o samurai Miyamoto Musashi; um guerreiro de grande disciplina e praticantes do Zen.
Em 1614, Ieyasu dá início a uma perseguição ao Cristianismo.

Isso porque o crescente avanço da religião Católica entre os japoneses (inclusive daimyo) provoca no governo o temor de que os convertidos passem a ameaçar a ordem. Somam-se a isso a influência da Holanda protestante, que estabelecia comércio com o Japão, e o conflito com as outras religiões já existentes.

Em 1633 o governo exige que todos os japoneses renunciem ao Cristianismo, e para isso proíbe a entrada de jesuítas e navios portugueses no Japão, assim como a saída de japoneses ao exterior. O xogunato passou a acreditar que as atividades missionárias dos jesuítas dissimulavam uma conquista política. Dessa forma, em 1639 a já iniciada política de isolamento se completa: agora apenas o comércio com a Holanda e a China é mantido, através do porto de Nagasaki, que passa a ser o único contato do Japão com o mundo exterior.

Apesar do isolamento, o comércio e a agricultura não param de crescer. Especialmente na era Genroku (1688-1703), em que a cultura popular floresce. O desenvolvimento comercial fez com que o poder econômico da classe mercantil ultrapassasse até o da classe dos samurais. A partir daí surgiu o peculiar teatro Kabuki, o mais popular do Japão, como forma de protesto dos mercadores contra as classes dominantes. Paralelamente ao surgimento dessa nova modalidade teatral, a arte da pintura em madeira, conhecida por Ukiyo-e, também se destaca nessa época.

Em 1760 o banimento da literatura estrangeira é revogado, e diversos ensinamentos são importados da China e da Holanda. Nessa época, os escolares passam a estudar ciências ocidentais, tais como a medicina e a astronomia, em língua holandesa. Na segunda metade do século XVIII, o xogunato constatou que cada vez mais os seus rendimentos, baseados em tributos sobre a produção do arroz, eram insuficientes para cobrir todas as despesas. Para resolver esse problema o governo aumentou os impostos sobre os camponeses, o que provocou diversas rebeliões. Assim começou a surgir entre o povo o desejo de um reforma política.

Quase simultaneamente, surgiam novas pressões externas pela abertura do Japão ao mundo ocidental. Mais precisamente no final do século XVIII, quando a Rússia tentou, sem sucesso, estabelecer laços comerciais. Finalmente, em 1853, os Estados Unidos forçam o governo Tokugawa a abrir um limitado número de portos para o comércio internacional.

Devido a diversos fatores, dentro e fora do país, o xogunato dos Tokugawa por fim reconheceu que a abertura do Japão era inevitável; o seu adiamento só traria mais problemas. Com a Revolução Industrial do Ocidente, apenas uma radical mudança na política interna faria com que o país pudesse igualar-se em poder aos ocidentais. Isso fez com que o Japão estabelecesse tratados de amizade com os Estados Unidos e outros países ocidentais, para logo começar a comerciar com eles.

Nessa época surgiram em todo o país várias críticas ao governo central, que supostamente se estaria rendendo à força militar estrangeira. Apesar disso, na grande tensão política em que o país se encontrava, o xogunato, os daimyo e os samurais preferiram evitar uma nova guerra civil e uniram-se sob a autoridade da corte imperial para assegurar a ordem e a unificação do Estado.