A filosofia do Zen consiste na procura da iluminação através do autoconhecimento; uma busca que ultrapassa os obstáculos mentais criados por nós mesmos a fim de encontrar a verdade em seu estado puro. Trata-se de uma percepção extra-sensorial das coisas, um ensinamento especial que não envolve palavras; apenas chama a atenção para a verdadeira essência do homem. O Zen é também a prática do o autocontrole, da disciplina e da simplicidade no viver.

As raízes do Zen estão na China, onde foi trazido da Índia por Bodhidharma no século VI. É uma variação do Budismo tradicional tibetano. A diferença básica entre os dois, é que a filosofia do Zen tenta reduzir ao mínimo as doutrinas e o estudo das escrituras sagradas. Para os praticantes do Zen, a palavra escrita é dispensável no caminho da iluminação. Muito mais importante do que isso é o aprendiz poder contar com o apoio direto de um mestre, que lhe transmitirá o caminho para o despertar da consciência.
O Zen é impossível de ser descrito em palavras. Muito mais do que simples teoria, o Zen só é experimentado integralmente através da prática, que faz o praticante vivenciar uma experiência. Tal prática é feita através do za-zen, que é a meditação Zen. Além do za-zen, os praticantes costumam estudar também os koans, que são pequenas frases, aparentemente sem sentido, mas que possuem grande profundidade embutida.

 A verdadeira análise do koan não deve contar com o pensamento lógico; é uma análise meditativa e intuitiva. Exemplo de koans típicos: "Qual é o som de uma única mão que bate palmas?" "Qual a cara que você tinha antes de nascer?"
O Ch'an - como ficou conhecido o Zen na China - foi trazido para o Japão no século XII, pelo mestre Eisai (1141-1215). Em 1184, Eisai construiu o primeiro templo Zen japonês, chamado Shofuku-ji, que existe até hoje. Lá o Zen gozou de grande popularidade entre a classe dos samurais, que já dominava o poder. Principalmente entre os séculos XII e XIV, em que o país atravessava o fogo das guerras civis, o Zen da escola Rinzai foi incrivelmente aceito pelos samurais como fonte de serenidade e determinação naqueles anos de turbulência.

Foi na área da preparação psicológica que os samurais descobriram o Zen. Naturalmente, apenas a preparação física não era suficiente para eles. Era necessário cultivar também a preparação espiritual para saber lidar com os momentos de maior conflito, em que todo o treinamento recebido era de uma só vez testado. Assim, a capacidade de manter a calma e a mente em ordem diante da morte foi de grande utilidade para o samurai, e nisso consistia a procura deles pelo Zen.

Dessa forma surgiu uma nova modalidade de Zen, que ficou conhecida como "Zen do Guerreiro". Como os samurais não se familiarizaram com as histórias clássicas do budismo chinês, no Zen do Guerreiro os koans e os contos Zen eram decorrentes da experiência diária deles próprios.

Na verdade, o Zen sempre esteve relacionado com a prática de artes marciais. Isso porque era um método de aperfeiçoamento pessoal que dava valor à experiência prática e que estimulava o desenvolvimento de uma mente autoconfiante, corajosa e desapegada das coisas materiais: atributos de grande atrativo entre os guerreiros.

Apesar da procura dos samurais pela filosofia ter, inicialmente, caráter essencialmente prático, o Zen contribuiu para a maturidade espiritual de muitos. O espírito profundamente Zen de alguns samurais pode ser comprovado pela seguinte citação de Kimura Kyuho, mestre de Kenjutsu (arte da esgrima), no século XVIII:
"O espadachim perfeito evita discutir e brigar. Brigar significa matar. Como pode um ser humano induzir a si próprio a matar seu semelhante? Fomos feitos para amar uns aos outros, não para matar... A espada é um instrumento infausto, usado para matar em circunstâncias inevitáveis. Mas pode também dar a vida, ao invés de tirá-la."
Em 1227 o mestre Dogen chega ao Japão para divulgar a Soto, uma outra escola do Zen.

Segundo Dogen, a prática diária em expressar a gratidão pela natureza de Buda, em cada mínimo detalhe do cotidiano, seria a expressão própria da iluminação. Essa idéia contrariava os ensinamento da Rinzai, que proclamava ser a iluminação algo repentino, que poderia acontecer no mais inesperado momento. Assim, essas duas escolas se desenvolveram independentemente por quase 700 anos.

Dogen procurou manter-se afastado das disputas políticas de sua época, e sempre afirmou que tanto mulheres quanto homens eram igualmente capazes de realizar o caminho de Buda. Isso fez com que o Zen, através da escola Soto, se espalhasse por todas as classes. O Zen atingiu seu pleno desenvolvimento no Japão nos séculos XV e XVI. A partir daí deu importante contribuição à cultura nacional, transformando profundamente a estética japonesa. Com seu estilo simples e sutil, o Zen encontrou sua melhor expressão na pintura a nanquim (técnica sumi-e). Além disso, é notável a sua influência nos jardins e na arte do chá.